Põhiseaduse muutmise seaduse eelnõu rahvahääletusele panekuks on nõutav Riigikogu koosseisu kolmeviiendikuline häälteenamus. Rahvahääletus toimub kõige varem kolme kuu pärast, arvates sellekohase otsuse vastuvõtmisest Riigikogus.
Kommenteeritav säte täpsustab PS rahvahääletusega muutmise korda. Selle sätte rakendamist täpsustab omakorda RKKTS § 125 „Põhiseaduse muutmise seaduse eelnõu rahvahääletusele panemise otsustamine“.
Kolmandal lugemisel peab Riigikogu otsustama PS muutmise viisi. PS muutmise seaduse eelnõu panemiseks rahvahääletusele peab Riigikogu vastu võtma sellekohase otsuse koosseisu kolmeviiendikulise häälteenamusega, st vähemalt 63 poolthäälega. Kui põhiseaduskomisjon teeb Riigikogule ettepaneku muuta PS rahvahääletusel, algatab ta enne kolmandat lugemist Riigikogu otsuse eelnõu PS muutmise rahvahääletusele panemise kohta (RKKTS § 125 lg 1). Otsus sisaldab seega Riigikogu otsustust panna PS eelnõu rahvahääletusele ning rahvahääletamise toimumise aega. Õiguskantslerile on antud õigus taotleda selle otsuse tühistamist Riigikohtus, kui Riigikogu on rahvahääletuse korraldamise otsuse vastuvõtmisel oluliselt rikkunud kehtestatud menetluskorda (PSJKS § 6 lg 1 p 5; ÕKS § 18 lg 11). Nimetatud säte välistab aga selgelt õiguskantsleri pädevuse taotleda Riigikogu otsuse, millega PS muutmise eelnõu pannakse rahvahääletusele, tühistamist põhjendusega, et see eelnõu on vastuolus PS-ga. Samas oleks mõeldav anda seadusega õiguskantslerile ka pädevus kontrollida rahvahääletusele pandava PS muutmise seaduse eelnõu sisu kokkusobivust PS teiste sätetega.
Rahvahääletuse toimumise aja määramisel on Riigikogu piiratud PS § 164 teise lausega, mille kohaselt ei või rahvahääletus toimuda varem kui kolm kuud pärast otsuse vastuvõtmist. Sellise kohustusliku ajavahemiku kehtestamine on tingitud vajadusest anda rahvale võimalus eelnõuga tutvuda ning eelnõu poolt või vastu asjakohast agitatsiooni teha. RaHS § 3 lg 3 lubab PS muutmise seaduse eelnõu rahvahääletuse määrata ka ajale pärast järgmisi Riigikogu valimisi, kuid seadus ei keela rahvahääletuse ja Riigikogu või kohaliku omavalitsuse volikogu valimiste päeva ühitamist.
PS muutmise seaduse eelnõu kolmas lugemine toimub koos rahvahääletuse korraldamise otsuse eelnõu lugemisega. Esmalt arutatakse PS muutmise seaduse eelnõu, seejärel aga otsuse eelnõu (RKKTS § 125 lg 3). Riigikogu hääletab rahvahääletuse korraldamise otsuse eelnõu. Kui see ei saa Riigikogu koosseisu kolmeviiendikulist häälteenamust, siis on ühtlasi tagasi lükatud ka PS muutmise seaduse eelnõu (RKKTS § 125 lg 6).
PS XV ptk-s ei nähta ette, milline on PS muudatuse rahvahääletusel vastuvõtmiseks nõutav häälteenamus. Järelikult on kohaldatav PS § 105 lg-s 2 sätestatu, mille kohaselt tehakse rahva otsus hääletamisest osavõtnute häälteenamusega.
Küsitav on, kas PS muutmise seaduse eelnõu vastu võtmata jätmise korral, st kui see ei saa poolthäälte enamust, tuleb rakendada PS § 105 lg 4. Kui Riigikogu erakorraliste valimiste väljakuulutamist käsitada sanktsioonina Riigikogu koosseisu suhtes, kes ei ole pälvinud rahva usaldust, siis ei peaks olema vahet, kas rahvas lükkab tagasi tavalise seaduse eelnõu või põhiseaduse muutmise eelnõu. Veelgi enam, kui erakorraliste valimiste väljakuulutamine järgneb tavalise seaduseelnõu tagasilükkamisele, siis seda enam peaks see järgnema põhiseaduse muutmise seaduse eelnõu kui riikluse seisukohalt olulisema tähtsusega dokumendi tagasilükkamisele rahvahääletusel. Samas on kaheldav, kas öeldu kehtib üksnes rahvahääletuse korraldamise otsustanud Riigikogu koosseisu kohta või ka Riigikogu järgmise koosseisu kohta. Nimelt võimaldab RaHS § 3 lg 3 määrata PS muutmise seaduse eelnõu rahvahääletuse ajale pärast järgmisi Riigikogu valimisi. Kuulutada aga välja Riigikogu erakorralised valimised seetõttu, et rahvas lükkas tagasi Riigikogu eelmise koosseisu toetatud ja rahvahääletusele pandud eelnõu, ei pruugi olla kooskõlas PS § 105 lg 4 mõttega (vt § 105 komm-d).
Seni on põhiseadust rahvahääletusega muudetud ühel korral – 14.09.2003, mil võeti vastu PSTS.