Riigikaitse kõrgeimaks juhiks on Vabariigi President.
Vabariigi Presidendi juures on nõuandva organina Riigikaitse Nõukogu, kelle koosseisu ja ülesanded sätestab seadus.
PS § 127 on keskne riigikaitse korraldust reguleeriv säte PS-s. Senises riigikaitsealases praktikas on see tekitanud enim vaidlusi, seda peamiselt Vabariigi Presidendi, Vabariigi Valitsuse ja Kaitseväe juhataja pädevuste jaotuse osas. Vaidlused olid ajendatud 1995. a vastuvõetud RRKS-st, mis PS regulatsiooni piisavalt ei täpsustanud ning põhjustas alluvusvaidlusi. PS kehtimise algusaastatel vajalik seadus puudus ning põhiseadusorganite pädevused olid piisavalt piiritlemata.
Eeltoodust tehti ettepanekuid PS X ptk muutmiseks ning 15.05.2007 algatas Vabariigi President PS muutmise eelnõu eesmärgiga korrastada riigikaitse juhtimist ja tugevdada tsiviiljuhtimist Kaitseväe üle. Muudatused jõustusid 22.07.2011, mil need olid vastu võetud kahe järjestikuse Riigikogu koosseisu poolt (RT I, 27.04.2011, 1 – jõust. 22.07.2011).
Lõikes 1 sätestatud norm on riikide praktikas laialt levinud, aga seda tuleb tõlgendada vastavalt iga riigi riigiõiguslikule süsteemile ning koosmõjus teiste PS sätetega. Riigikohus märkis esimese vastuvõetud RRKS PS-le vastavuse hindamisel, et Kaitseväe ja Kaitseliidu juhtimise korraldamisel tuleb arvestada ka funktsioone, mida Vabariigi Valitsus täidab PS alusel, ja Vabariigi Valitsuse poliitilist vastutust. PS mõttega ei ole kooskõlas, et Vabariigi President annab Kaitseväe juhatajale korraldusi, minnes mööda Vabariigi Valitsusest, kes peab ellu viima riigi sise- ja välispoliitikat. Parlamentaarses riigis on Kaitsevägi allutatud valitsusele ja selle kaudu demokraatlikule, sealhulgas parlamendi kontrollile. Presidendi roll riigikaitse kõrgeima juhina on tasakaalustav (RKPJKo 21.12.1994, III-4/A-11/94). Riigikaitset reguleerivad seadused peavad sätestama Vabariigi Presidendi ja Vabariigi Valitsuse pädevuste jaotuse riigikaitse juhtimisel selliselt, et Vabariigi President saaks täita oma tasakaalustavat rolli. Vabariigi Presidendi riigikaitsealased pädevused on loetletud PS § 78 p-des 15–18. Nimetatud loetelust nähtub, et Vabariigi Presidendi pädevus ei piirdu üksnes riigikaitse kõrgeima juhi rolliga, vaid tal on ka muid riigikaitsega seotud ülesandeid. Muud Vabariigi Presidendi riigikaitsealased pädevused on olulise tähtsusega riigikaitse juhtimisel, sest need sisuliselt täiendavad tema riigikaitse kõrgeima juhtimise funktsiooni (sh sõjaväeliste auastmete andmine).
Riigikaitse kõrgeima juhina peab Vabariigi President olema pidevalt kursis riigikaitse ja julgeolekupoliitikaga. Lisaks sellele täidab ta tasakaalustaja rolli relvajõudude rahuaegse kasutamise otsustamisel. Relvajõud võivad muu hulgas osaleda avaliku korra kaitses, abistades korrakaitseorganeid (nt politsei või päästeasutus) nende ülesannete täitmisel. Kuni abistamine ei hõlma füüsilise jõu, erivahendite ja relvade kasutamist, toimub see täitevvõimusisese otsuse alusel. Kui abistavatel relvajõudude liikmetel on vajadus kohaldada ka vahetut sundi, peab Vabariigi President andma nõusoleku.
Sõjaseisukorra ajal on Vabariigi Presidendi pädevuses sõjaseisukorra lõpetamise ja demobilisatsiooni ettepaneku tegemine. Lisaks on sõjaseisukorra ajal Vabariigi Presidendi pädevuses teha Riigikogu esimehele ettepanek kutsuda Riigikogu kokku erakorraliseks istungjärguks kiireloomuliste riigikaitseliste küsimuste otsustamiseks.
Paragrahvi 127 lg 2 kohaselt tegutseb presidendi juures nõuandva organina Riigikaitse Nõukogu, kelle koosseisu ja ülesanded sätestab seadus. Nõukokku kuuluvad Riigikogu esimees, peaminister, Riigikogu riigikaitsekomisjoni ja väliskomisjoni esimees, riigikaitsega seotud valdkondade eest vastutavad ministrid ning Kaitseväe juhataja. Nõukogu eesmärk on luua arutelufoorum, kus riigikaitsepoliitika kujundamise pädevusega ametiisikud saaksid oma seisukohti väljendada ja ühtlustada. Nõukogu teenib riigi ühtse julgeoleku- ja kaitsepoliitika tagamise huve. Nõukogusse kuuluvatel ametiisikutel on võimalik väljendada oma seisukohti kõigis olulisemates riigikaitse küsimustes ning tagada riigikaitse seisukohalt kõige olulisemate, Vabariigi Presidendi pädevusse kuuluvate otsuste ja ettepanekute tasakaalustatus. Nõukogu koosolekuid juhatab Vabariigi President.
Riigikaitse igapäevane juhtimine toimub täidesaatvat riigivõimu teostavate Vabariigi Valitsuse ja Kaitseministeeriumi kaudu, mille valitsemisalasse kuulub riigikaitsega seotud tegevuste korraldamine. Valitsus ja kaitseminister kannavad Riigikogu ees poliitilist vastutust kaitse- ja julgeolekupoliitika kujundamise ning teostamise eest. Riigikogu harilik arupärimis- ja umbusaldamismenetlus pole küllalt tõhus, et takistada Kaitseväge ja Kaitseliitu rakendamast otsuseid, mis Riigikogu toetust ei leia. Seetõttu on olulisemate otsuste tegemisel tavapärasest suurem roll Riigikogu komisjonidel (riigikaitsekomisjonil ja väliskomisjonil) ja Vabariigi Presidendil, kes peavad olema otsuste tegemisse kaasatud. Riigikaitse laia käsituse kohaselt tuleb mõista, et riigikaitsega on laiemalt seotud kogu täidesaatev võim tervikuna (sh Välisministeerium, Riigikantselei) ning riigikaitse igapäevane juhtimine on laiem sõjalise riigikaitse juhtimisest.
PS muudatuse kohaselt on §-st 127 välja jäetud lg-d 3 ja 4, mis puudutasid Kaitseväe juhataja ja sõjaajal Kaitseväe ülemjuhataja juhtimispädevusi ning ametisse nimetamise ja ametist vabastamise korda. Lisaks pärines kehtiv riigikaitset reguleeriv põhiseaduslik mõte 1937. a presidentaalse süsteemiga PS-st, mis ei olnud kooskõlas parlamentaarse riigikorraldusega.
PS muudatusest tulenevalt pidid Riigikogu ja valitsus leidma lahenduse, kuidas Kaitseväe juhataja edaspidi ametisse nimetatakse. Praegu on Kaitseväe juhataja ametisse nimetamine reguleeritud KVTS-ga, mille kohaselt nimetab Kaitseväe juhataja ametisse Vabariigi Valitsus, võttes arvesse Riigikogu riigikaitsekomisjoni seisukoha (KVTS näeb ette, et Kaitseväe juhataja nimetatakse ametisse viieks aastaks, mida on võimalik pikendada kahe aasta võrra). Arvestades, et Kaitseväe juhataja on ametikohalt sarnane teiste valitsusasutuste juhtidega, siis tuleb terminit „võttes arvesse“ tõlgendada nii nagu teiste riigi julgeoleku eest vastutavate ametite juhtide puhul, kus tavapäraselt Riigikogu vastava komisjoni arvamus kuulatakse ära enne isiku ametisse nimetamist.
KKS täpsustab Kaitseväe juhtimise aluseid, mille kohaselt Kaitseväge juhib ainujuhtimise põhimõttel Kaitseväe juhataja, kes allub kaitseministrile. Kaitseministril ei ole õigust vahetult sekkuda Kaitseväe juhataja sõjalisse pädevusse ning KKS-s on rõhutatud, et kaitseministril ei ole käsuõigust Kaitseväe juhataja üle (vt KKS § 23).
Kaitseväe juhataja allub seaduse kohaselt teenistuslikult kaitseministri järelevalvele, nagu ka teiste ministeeriumi valitsemisalas olevate valitsusasutuste juhid.
Oliver Kask, Kalle Kirss, Erki Kodar, Kristi Purtsak, Margit Gross