Rahvahääletusele ei saa panna eelarve, maksude, riigi rahaliste kohustuste, välislepingute ratifitseerimise ja denonsseerimise, erakorralise seisukorra kehtestamise ja lõpetamise ning riigikaitse küsimusi.
Rahvahääletuse korra sätestab rahvahääletuse seadus.
1920. a PS § 34 sätestas: „Rahvahääletamisele ei kuulu ega või rahvaalgatamise teel otsustamisele tulla eelarve ja laenude tegemine, maksuseadused, sõjakuulutamine ja rahutegemine, kaitseseisukorra väljakuulutamine ja lõpetamine, mobilisatsiooni ja demobilisatsiooni väljakuulutamine, samuti ka lepingud võõraste riikidega.“ 1937. a PS § 98 lg 3 järgi ei saanud rahvahääletusele panna PS muutmisesse, maksudesse, riigikaitsesse, välislepingutesse ega riigi rahalistesse kohustustesse puutuvaid küsimusi.
Regulatsioon, mis sätestati J. Raidla töögrupi eelnõu § 103 lg 1 eeskujul, ei tekitanud Põhiseaduse Assamblees vaidlusi. Paragrahvi sisulist asjakohasust ei seadnud küsimuse alla ka PS juriidilise ekspertiisi komisjon oma 1998. a lõpparuandes.
Kommenteeritava paragrahvi lg-s 1 sätestatakse piirangud rahvahääletusele pandavate küsimuste osas. Tegemist on n-ö teise järjekorra piirangutega. Esmasteks piiranguteks on keeld sekkuda teiste riigiorganite või KOVü põhiseaduslikku pädevusse ning kohustus mitte eirata küsimuse otsustamiseks PS-s ettenähtud menetluskorda (vt PS § 105 komm 10). Nõustuda võib seisukohaga, et regulatsiooni eesmärk „on õigustatud kõigepealt praktilistel kaalutlustel, sest loetletud probleemid nõuavad üldjuhul operatiivset otsustamist ja toimimist. Teiseks ja ehk peamisekski põhjuseks on vajadus vältida populismi ja rahva hetkemeeleolude ja ajutiste raskuste fataalset mõju“ (R. Maruste. Põhiseadus ja selle järelevalve. Juura 1997, lk 57). Et vältida lünkasid sätte kohaldamisalas, tuleks normis loetletud küsimusi mõista nii sisuliselt kui ka formaalselt laias mõttes. Asjakohased küsimused võivad olla esitatud nii õigusakti eelnõuna kui ka muu riigielu küsimusena.
Eelarveküsimuste all peetakse silmas eelkõige riigieelarvet (§ 115 lg-d 1 ja 2), lisaeelarvet (§ 115 lg 3) ning riigieelarve üksikuid tulusid ja kulusid (§ 115 lg 1, § 116), samuti riigieelarve seadust (§ 104 lg 2 p 11, § 117).
Maksuküsimuste all peetakse silmas eelkõige isikutele avalik-õiguslikke rahalisi kohustusi sätestavaid seaduseid (§ 113), samuti niisuguste kohustustega seonduvaid põhimõttelist laadi küsimusi (nt kas mõni maks kehtestada või kehtetuks tunnistada) ja üksikküsimusi (nt maksumäär).
Riigi rahalisi kohustusi puudutavate küsimustena tuleb mõista eelkõige § 65 p-s 10, § 104 lg 2 p-s 15 ja § 121 p-s 4 nimetatud välis- ja siselaenude tegemist ja riigile muude varaliste kohustuste võtmist (nt garantiide andmist).
Riigi välispoliitika kuulub § 87 p-de 1, 4 ja 7 kohaselt Vabariigi Valitsuse pädevusse. Seega korraldab valitsus ka välislepingute sõlmimist. Vastavalt §-le 121 peab teatavad välislepingud ratifitseerima ja denonsseerima Riigikogu. Kommenteeritava paragrahvi järgi ei või Riigikogu otsustada panna talle valitsuse poolt ratifitseerimiseks või denonsseerimiseks esitatud välislepingut rahvahääletusele. Sätet ei tohiks samas tõlgendada nii, et rahvahääletust ei ole lubatud korraldada ka küsimuses, milles tehtav otsus sisuliselt välistab (vt § 105 lg 3 ls 2, § 123 lg 1) välislepingu ratifitseerimise.
PS § 129 lg 1 kohaselt võib Riigikogu Eesti põhiseaduslikku korda ähvardava ohu puhul Vabariigi Presidendi või Vabariigi Valitsuse ettepanekul oma koosseisu häälteenamusega välja kuulutada erakorralise seisukorra kogu riigis, kuid kõige kauem kolmeks kuuks (vt ka § 65 p 14 ja § 78 p 17). Erakorralise seisukorra lõpetamist PS-s sõnaselgelt ei mainita (§ 131 lg-s 2 nimetatakse erakorralise seisukorra lõppemist), kuid PS süstemaatiliselt tõlgendades tuleb asuda seisukohale, et kui erakorralise seisukorra kehtestamine on Riigikogu pädevuses, on seda ka lõpetamine. Nimetatud küsimused peab Riigikogu ise otsustama ega tohi neid kommenteeritava paragrahvi lg 1 järgi rahvahääletusele panna.
Riigikaitseküsimused, mida vastavalt kommenteeritava paragrahvi lg-le 1 ei saa panna rahvahääletusele, on eelkõige riigikaitset puudutavad seadused: ErSS (PS § 104 lg 2 p 16, § 129 lg 2), rahuaja riigikaitse seadus ja sõjaaja riigikaitse seadus või nende asemel vastu võetud RiKS (PS § 104 lg 2 p 17, § 126 lg 1), Eesti kodanike riigikaitsest osavõtu kohustust, asendusteenistust ning kaitseväes ja asendusteenistuses olevate isikute õiguslikku seisundit sätestavad seadused (PS § 124), Eesti kaitseväe ja riigikaitseorganisatsioonide korraldust sätestavad seadused (PS § 126 lg 2), samuti riigikaitset puudutavad üksikküsimused (nt ajateenistuse kestus).
PS § 106 lg 2 kohaselt sätestab rahvahääletuse korra RaHS. PS § 104 lg 2 p 5 järgi on RaHS vastuvõtmiseks ja muutmiseks nõutav Riigikogu koosseisu häälteenamus, st vähemalt 51 Riigikogu liikme poolthääl (PSRS § 3 lg 6 p 4). Mõistega „rahvahääletuse kord“ on hõlmatud eelkõige hääletamisõigus ja selle piirangud, agitatsioon, hääletajate nimekirjade koostamine, hääletamise viisid, hääletamist läbiviivate organite süsteem, hääletamistulemuse selgitamise kord ja rahvahääletusega seoses tekkivate vaidluste lahendamise kord.
Janar Jäätma, Tim Kolk, Jüri Liventaal, Tiina Runthal