Riigikogu, Vabariigi Presidendi, Vabariigi Valitsuse ja kohtute tegevus on korraldatud võimude lahususe ja tasakaalustatuse põhimõttel.
Võimude lahususe ja tasakaalustatuse põhimõte on õigusriigi püsimise oluline tagatis. See põhimõte ei võimalda ühegi institutsiooni ega isiku kätte liialt suure võimutäiuse koondumist. Viimane võib eriti ohtlikuks kujuneda kriisiolukorras, mil ka avalikkus võib otsustajatelt nõuda näiteks põhiõigusi eiravat tegutsemist.
Eesti riiki juhib rahva kui kõrgeima võimu kandja valitud Riigikogu, sestap on just seadusandja nimetatud § 4 loetelus esimesena. PS raames on Riigikogul võimalik seadustega kujundada teiste võimuharude ja põhiseaduslike institutsioonide tegevust. Riigikogu enese tegevuse põhiseaduspärasust kontrollib aga Riigikohus. Põhiseaduslike institutsioonide vastastikuse tasakaalustamise ja kontrolli valemisse kuuluvad ka Riigikontroll ja õiguskantsler. Need ega Vabariigi President ei kuulu ei seadusandliku-, täitev- ega kohtuvõimu harusse.
Eristatakse funktsionaalset, institutsionaalset ja isikulist, samuti horisontaalset ja vertikaalset võimude lahusust. Põhimõte, mille kohaselt üks ja sama inimene ei täida üheaegselt ülesandeid üksteist tasakaalustama ja kontrollima määratud võimuharudes, on mõeldud teenima institutsionaalset ja funktsionaalset võimude lahusust. Rotatsiooni korras võimuharude vahel liikumine on siiski lubatud, samuti on erandina lubatud tagasi astuva Vabariigi Valitsuse liikmete lühiajaline kuulumine vastvalitud Riigikokku (RKLS § 5 lg 2). Selliste erandite lubamisel tuleb lähtuda kujuneva olukorra sisust: ühegi institutsiooni sõltumatult tegutsemise võime ei tohi seeläbi kannatada. Riigikohus on eitavalt vastanud küsimusele, kas kohtuniku kuulumine teise võimuharu juures asuvasse nõuandvasse organisse rikub võimude lahususe põhimõtet (RKPJKm 06.06.2017, 3-4-1-6-17, p 35).
Vertikaalse võimude lahususe all peetakse silmas võimu jaotust riigiorganite ja KOV vahel: kõiki olemuselt kohaliku elu küsimusi lahendavad vallad ja linnad seaduste raames iseseisvalt. KOV organeid võimude lahususe ja tasakaalustatuse põhimõtte valguses ei käsitleta, küll aga tuleb ka kohaliku võimu teostamisel vältida huvide konflikti ja kehtestatud tööjaotuse rikkumist. Vertikaalse võimude lahususe kohta vt lähemalt XIV ptk komm-d.
Riigivõimu harud ja põhiseaduslikud institutsioonid on oma otseselt PS-st tuleneva tegevuse korraldamisel autonoomsed. Nõnda otsustas Riigikohus, et Riigikogu ei saa seadusega muuta armuandmiskomisjoni otsuseid presidendile siduvaks, täitevvõim kirjutada ette, kellele anda riiklik teenetemärk ega teised võimuharud teha eelotsust seadluse andmise vajaduse kohta (RKPJKo 14.04.1998, 3-4-1-3-98; RKPJKo 18.02.1994, III-4/A-3/94; RKPJKo 13.06.1994, III-4/1-4/94). Riigipea otsustusõiguse ja ülesannete täitmise lubamatuks piiramiseks ei peetud aga seda, et riigipitsatit hoiab riigisekretär (RKPJKo 22.06.1993, III-4/1-1/93).
Riigikogu võimu ulatus kipub pidevalt kahanema ja täitevvõimu oma kasvama. EL õiguse kujunemisel osaleb ennekõike Vabariigi Valitsus, Riigikogu roll jääb tagasihoidlikuks. EL õiguses otsustatu jätab seadusandjale kui üldse, siis pigem vähe valikuid. Teisiti ei oleks EL toimimine ilmselt ka mõeldav. Mõeldav on aga Riigikogu rolli suurendamine täitevvõimu tegevuse suunamisel EL organites osalemisel. Riigikogu liikmed on seatud täitevvõimust sõltuvusse ka sellega, et iseenesest lubatav seadusemuudatus on seotud Euroopa Komisjoni teavitamisega. Näiteks TNVS § 43 lg 3, InfoTS § 31 lg 1 ning MSÜS § 6 lg 9 kehtestavad teatud sisuga õigusnormi sisaldavast ettevalmistatavast õigusaktist teavitamise kohustuse. Nende normidega võetakse üle neli EL direktiivi. Teavitamiskohustuse eesmärk on vältida EL-s kaupade ja teenuste vaba liikumist takistavate põhjendamatute nõuete kehtestamist. Teavitama on aga volitatud täitevvõim, kes ei pruugi seda näiteks poliitilistel põhjustel teha või võib viivitada. Iseenesest on võimalik muudatus vastu võtta, ent enne teavitamist ja ette nähtud ooteaja möödumist (kuni 18 kuud) ei omanda see täit toimet. Riigikogu on loovutanud täitevvõimule olulise osa oma võimust riigi juhtimisel iga-aastase riigieelarve muutmisega selliseks, et see enam ei sisalda arusaadaval ja sisuliselt muudetaval moel riigi kõiki kulusid ja tulusid. Riigikogu ja selle liikmete rolli saaks praktikas suurendada ka poliitilise kultuuri edendamise teel, näiteks nii, et Riigikogu liikmete algatusi ja muudatusettepanekuid ei lükka valitsuskoalitsiooni saadikud pea automaatselt tagasi.
Palju on vaieldud küsimuses, kui kaugele ulatuvad kohtuliku kontrolli piirid põhiseaduslikkuse järelevalves ja halduskohtumenetluses. Riigikohus on asunud järjekindlalt seisukohale, et majandus- ja sotsiaalpoliitika ning eelarve kujundamine kuulub Riigikogu, mitte kohtu pädevusse. Riigikogu vabadus poliitikat ja eelarvet kujundada pole piiramatu, vaid seda raamistavad PS põhimõtted ja põhiõigused. Põhiseaduslikkuse järelevalve kohus peab jääma seadusandja sedalaadi valikute kontrollimisel tagasihoidlikuks ja vältima olukorda, kus eelarvepoliitika läheb suures osas kohtu kätte. See siiski ei tähenda, et kohus ei saaks kontrollida põhiõiguste tagatust või PS põhimõtetest kinnipidamist (RKÜKo 26.06.2014, 3-4-1-1-14, p 127).
Halduskohtumenetluses ei saa kohus asuda haldusorgani asemel tõendeid koguma. Kui haldusmenetluses ei ole õiguspärase kaalutlusotsuse tegemiseks vajalikke andmeid kogutud, ei saa haldusorgani viga kõrvaldada uute tõendite kogumisega kohtumenetluses. Vastasel juhul asuks kohus haldusmenetluses uurimata jäänud olulisi asjaolusid hindama ja nende alusel kaalutlusõigust teostama täitevvõimu asemel, mis oleks vastuolus võimude lahususe põhimõttega (RKHKo 19.05.2020, 3-18-529/137, p 34).
Kohtud on tõstatanud küsimusi süüteo eest ette nähtud karistusmäära põhiseaduspärasusest. Neil juhtudel on Riigikohus asunud seisukohale, et süüteole vastava karistuse määratlemisel on Riigikogu otsustusruum avar. Ühiskonnas omaksvõetud väärtushinnangute alusel karistusmäärade otsustamiseks on pädev just rahva valitud Riigikogu (RKPJKo 23.09.2015, 3-4-1-13-15, p 41).
Immuniteet ja immuniteedimenetlus on osa võimude lahususe ja tasakaalustatuse praktilistest tagatistest. Nii tagatakse demokraatliku õigusriigi kaitse eesmärgil riigi olulisemate institutsioonide sõltumatus ja Riigikogu liikmete, eriti parlamendivähemuse kaitse. Põhiseaduslikud institutsioonid kontrollivad ja tasakaalustavad riigi täitevvõimu, sh kriminaalmenetluse läbiviijaid. Selleks on vaja neid kaitsta täitevvõimu võimaliku poliitiliselt kallutatud kriminaalmenetlusega survestamise eest. Riigikohus lahendas küsimust sellest, kas immuniteet ja immuniteedimenetlus peaks laienema ka linnapeale ja leidis, et ei pea, sest KOV üksused riigivõimu harude kontrolli ja tasakaalustamise ülesandeid ei täida (RKPJKo 15.01.2016, 3-4-1-30-15, p 27).
Lauri Madise, Ülle Madise, Lauri Mälksoo