Peaminister esindab Vabariigi Valitsust ja juhib selle tegevust.
Peaminister nimetab kaks ministrit, kellel on õigus asendada peaministrit tema äraolekul. Asendamise korra määrab peaminister.
Peaministri ülesanne on nii valitsuse kui ka valitsuse poliitika esindamine ja juhtimine ning valitsuse töövõime tagamine. Peaministri juhtimispädevust piirab ühelt poolt valitsuse kollegiaalne pädevus (§-d 86–87) ning teiselt poolt ministrite õigus juhtida ministeeriume (§ 94 lg 2). Tegelikud piirjooned, eriti koalitsioonivalitsuse tingimustes, kujunevad poliitilise praktika käigus ja poliitiliste jõuvahekordade tulemusena. Peaminister juhib küll valitsuse poliitikat, kuid see sõltub samapalju ka valitsuse kollegiaalsetest otsustest. Kehtiva VVS kohaselt määrab peaminister ministrite pädevuse ministeeriumide juhtimisel ja nende vastutusvaldkonnad. Seadusandja võib seadusega määrata ise kindlaks ministeeriumide moodustamise ja nende valitsemisalad või anda vastava volituse Vabariigi Valitsusele või peaministrile. PS järgi on peaministril õigus teha muudatusi ametisse nimetatud valitsuse koosseisus (§ 90). Kuna peaminister on valitsuse juht ja valitsuse kooshoidja, siis peaministri tagasiastumise korral astub tagasi kogu valitsus (§ 92 lg 1 p 2). Seega täidab peaminister valitsuse moodustaja ja kooshoidja ülesandeid (§ 89). PS viitab veel ka peaministri ülesandele säilitada Riigikogu usaldus valitsusele (§ 97).
PS § 87 p 2 kohaselt on Vabariigi Valitsusel õigus suunata ja koordineerida nii valitsusasutuste kui ka ministrite tegevust ministeeriumide juhtimisel. Kehtiva VVS kohaselt määrab peaminister ministrite pädevuse ministeeriumide juhtimisel ja nende vastutusvaldkonnad. Seadusandja võib seadusega määrata ise kindlaks ministeeriumide moodustamise ja nende valitsemisalad või anda vastava volituse Vabariigi Valitsusele või peaministrile. PS ei välista peaministri õigust anda seaduse alusel ja täitmiseks korraldusi. Nii on erinevates seadustes peaministrile ette nähtud erinevate korralduste andmise õigusi. Näiteks on ErSS-ga ja RiKS-ga antud peaministrile volitused teatud juhtudel ka ministritele kohustuslike korralduste andmiseks. ErSS kohaselt on peaminister erakorralise seisukorra juht ning ta võib põhiseaduslikku korda ähvardava ohu kõrvaldamiseks anda haldusakte ja valitsusasutuste juhtidele, sh sisekaitseülemale, korraldusi. RiKS kohaselt juhib peaminister kõrgendatud kaitsevalmiduse korraldamist ja sõjaseisukorra lahendamist. Peaminister võib kõrgendatud kaitsevalmiduse korraldamiseks ja sõjaseisukorra lahendamiseks anda haldusakte ning korraldusi riigi ja KOVü ametiasutuse juhile, ametnikule ja töötajale, valla- ja linnavalitsuse liikmele, samuti sõjaseisukorra ajal siseministrile ja kaitseministrile. Kõrgendatud kaitsevalmiduse ja sõjaseisukorra ajal võib peaminister tunnistada kehtetuks riigi ametiasutuse juhi ja KOVü haldusakte ning anda nende eest ise uusi haldusakte.
Kuna valitsusel on õigus suunata ja koordineerida valitsusasutuste tegevust (§ 87 p 2), siis on valitsusel õigus anda ministritele juhiseid ja korraldusi valitsuse poliitika elluviimiseks. Eristama peab juba vastuvõetud otsuste täitmisele suunatud juhiseid ja korraldusi ja neid, milles valitsuse seisukoht või otsus veel puudub. VVS järgi on peaministril õigus nõuda ministrilt seletust tema tegevuse kohta. Kuna peaminister on valitsust kooshoidev jõud ja valitsuse poliitika eest vastutav, siis on see igati mõistetav, et peaministril on õigus ministritelt vastavat informatsiooni nõuda. Et ministrid on oma valdkonna juhid, siis ei saa peaminister anda veel otsustamata küsimustes ministritele korraldusi, millised ettepanekud tuleb valitsuse otsuseks ette valmistada. Peaminister saab vastavalt PS § 96 lg-le 2 ka ise teha valitsuse otsusteks ettepanekuid. Samuti ei saa peaminister anda ministritele korraldusi hääletamise osas.
Peaminister valitsusjuhina otsustab, milliseid küsimusi istungi päevakorda arvata, samuti kinnitab ta istungi toimumise aja ja päevakorra. Peaminister peab istungi juhatajana jälgima kvoorumi olemasolu, häälte poolekslangemise korral on otsustav peaministri hääl. Samuti juhatab peaminister valitsuse istungit, annab ja võtab sõna ning formuleerib ja fikseerib valitsuse otsused. Peaminister kirjutab alla valitsuse istungi protokollile ja valitsuse õigusaktidele. Peaminister juhib ka istungite ettevalmistamist. Oluline roll selles on valitsuskabineti nõupidamisel, kus arutatakse põhimõttelise tähtsusega küsimusi ja lahendatakse ministritevahelisi erimeelsusi. Valitsuse istungite ja valitsuskabineti juhatamisel ja nende ettevalmistamise juhtimisel abistavad peaministrit Riigikantselei ja riigisekretär.
Seadused näevad peaministrile ette erinevaid ülesandeid ja pädevusi. Näiteks esindab peaminister välissuhtlemises Eesti Vabariiki. Ühtlasi volitab VäSS peaministrit ametikoha järgi ja ilma volikirjata kirjutama Eesti Vabariigi nimel alla valitsuse heakskiidetud välislepingutele. TAKS-st tuleb peaministrile ülesanne esitada vähemalt kord aastas Riigikogule ülevaade teadus- ja arendustegevuse olukorrast ning valitsuse poliitikast selles valdkonnas. Peaminister esindab valitsust suhetes teiste põhiseaduslike institutsioonide ja muude riigivõimu harudega. Peaminister vastab või teeb mõnele ministrile ülesandeks vastata valitsuse nimel Riigikogu liikmete arupärimistele ja kirjalikele küsimustele, mis on suunatud vastamiseks Vabariigi Valitsusele. Peaminister esindab valitsust suhetes teiste riikide valitsustega. Näiteks võib VäSS kohaselt ka peaminister kirjutada alla valitsuse sõlmitud välislepingu lepingukirjale.
Tulenevalt Eesti kuulumisest EL-i on peaministril VVS-st tulenev ülesanne juhtida Eesti seisukohtade kujundamist Euroopa Ülemkogu kohtumisteks ning esindada Eestit Euroopa Ülemkogus ja EL riigipeade ja valitsusjuhtide tasandil kokkutulevas nõukogus. Selle ülesande täitmiseks on peaministril õigus anda ministritele ülesandeid ja sisulisi juhiseid, mis on vajalikud ülemkogu nõupidamiste ettevalmistamiseks. Peaminister vastutab Eesti seisukohtade koostamise ja koordinatsiooni korraldamise eest ning annab sellest igal aastal aru Riigikogule. Ülemkogu koosneb liikmesriikide riigipeadest või valitsusjuhtidest ning ülemkogu eesistujast ja Euroopa Komisjoni presidendist. VVS kohustab peaministrit esitama valitsusele heakskiitmiseks Eesti seisukohad ülemkogu kohtumisel päevakorras olevate küsimuste kohta, kui need kuuluvad valitsuse pädevusse või kui valitsus peab need esitama seisukohavõtuks või arvamuse andmiseks Riigikogule. Tihti lähtutakse seisukohtade kujundamisel juba EL Nõukogu raames või mõne EL asja kohta kujundatud seisukohtadest. RKKTS ja VVS järgi peab peaminister Riigikogu või valitsuse seisukohast kinni pidama. Kui peaminister seda siiski mingil põhjusel ei ole teinud, siis tuleb tal esitatud seisukohad esimesel võimalusel valitsusele või Riigikogule teatavaks teha ja põhjendada. Küll aga ei mõjuta see ülemkogus antud hääle kehtivust.
Peaminister peab nimetama kaks ministrit, kellel on õigus asendada peaministrit tema äraolekul, ja määrama asendamise korra (§ 93 lg 2). Seega saab PS-st tuletada, et peaminister peab määrama kindlasti kaks asendajat, kuid ülejäänud osas saab ta ise otsustada, kas piirdub vaid kahe asendaja nimetamisega ning otsustab, et edasine asendamine lähtub sellest, et asendab vanim istungil olev minister või paneb asendamise järjekorda kõik valitsuse liikmed. Samuti saab peaminister jätkuvalt määrata korraldusega oma asendamise üldise korra, sh reeglid, millistel tingimustel asendamine toimub. Peaministri asendajate nimetamise ja asendamise korra määramise eesmärk on tagada valitsuse otsustusvõimelisus ka peaministri äraoleku korral (vt RiKS seletuskiri riigikaitseseaduse eelnõu juurde, lk 115). VVS kohaselt tuleb peaministri korraldus peaministri asendamise järjekorra ja asendamise korra kohta teha teatavaks valitsuse esimesel istungil ja avaldada Riigi Teatajas. Asendamise järjekorda ja asendamise korda võib hiljem ka muuta. Samuti võib erandolukorraks kehtestada teistsuguse asendamise järjekorra, näiteks erakorraliseks või sõjaseisukorraks. Asendamise korra rakendamisel on oluline roll ka riigisekretäril, kes tulenevalt PS-st (§ 96 kohaselt annab Vabariigi Valitsuse määrustele kaasallkirja) ja VVS-st täidab n-ö valitsuse notari ülesandeid. Käesoleval juhul aitab riigisekretär tagada seda, et asendamine toimuks peaministri määratud korra järgi, sh et eeldused asendamiseks oleksid täidetud. Kuna riigisekretär tagab ka valitsuse teenindamise, siis korraldab ta kõik asendamisega seonduva, nt ministrite teavitamise asendamisest, peaministriga suhtlemise asendamise küsimustes jne (RiKS seletuskiri riigikaitseseaduse eelnõu juurde, lk 114).
Peaministri äraoleku all tuleb mõista näiteks tema puhkust, haigust või välislähetust, aga ka olukorda, kus peaministri asukoht pole teada või peaminister ei saa teadaolevalt oma ülesandeid täita (nt on pantvangis või surnud).
Peaministrit asendaval ministril on üldjoontes samad õigused ja kohustused mis peaministril. Küll aga ei või peaministrit asendav minister esineda Riigikogu ees Vabariigi Valitsuse tagasiastumisavaldusega, välja arvatud peaministri surma korral (VVS § 14). Samuti keelab VVS valitsusel ilma peaministri osavõtuta siduda valitsuse poolt Riigikogule esitatud eelnõu vastuvõtmist usaldusküsimusega. Peaministrit asendav minister ei tohi teha Vabariigi Presidendile ettepanekuid ministrite ametisse nimetamiseks ja ametist vabastamiseks. Seda võib teha ainult Vabariigi Valitsuse istungi otsustusvõimelisuse tagamiseks riigi julgeolekut ähvardava vahetu ohu korral (VVS § 14 lg 2 p 2).
Riigi julgeolekut ähvardava vahetu ohu esinemisel võib peaministri asendajal tekkida vajadus teha muudatusi valitsuse koosseisus, et tagada valitsuse otsustusvõimelisus. Eelkõige on see aktuaalne olukordades, kus näiteks mitu ministrit on surma saanud või teadmata kadunud ning sellest tulenevalt ei saa valitsus täita seaduses sätestatud kvoorumi nõuet. See võib viia olukorrani, kus valitsus muutub otsustusvõimetuks (ka koos asendamise võimalustega jääb ministrite arv nii väikeseks, et faktiliselt ei ole võimalik kvoorumit saavutada) ning Eesti riik jääb sisuliselt valitsusest ilma. VVS § 9 lg 1 kohaselt peab peaminister tagasi astuma, kui valitsus ei ole otsustusvõimeline ega muutu selleks 21 päeva jooksul otsustusvõime kaotamisest alates (RiKS seletuskiri riigikaitseseaduse eelnõu juurde, lk 114–115).
Valitsuse istungil on peaministrit asendaval ministril üks hääl, häälte poolekslangemise korral on peaministrit asendaval ministril otsustav hääl. Valitsuse määrustele alla kirjutades võib peaministrit asendav minister olla nii peaministri kui ka asjaomase ministri rollis.