Riigikontrolli juhib riigikontrolör, kelle nimetab ametisse ja vabastab ametist Riigikogu Vabariigi Presidendi ettepanekul. Riigikontrolöri volituste kestus on viis aastat.
Riigikontrolör kuulub nende kõrgemate ametnike hulka, kelle nimetab ametisse Riigikogu Vabariigi Presidendi ettepanekul (vt § 65 p 7 komm-d). Selline riigikontrolöri ametisse nimetamise kord välistab alluvussuhte ja on seega üks olulisi Riigikontrolli sõltumatuse tagatisi. Riigikontrolöri ametisse nimetamine eeldab Vabariigi Presidendi ja Riigikogu ladusat koostööd. Riigikontrolöri, aga ka õiguskantsleri kandidaadi valiku Riigikoguga kooskõlastamise tava ei ole seni selgelt välja kujunenud, nõnda on praktikas tekkinud tõrkeid.
Riigikontrolöri kandidaadi staatuse omandab isik, kellele Vabariigi President on teinud ametisse kandideerimise ettepaneku ja kes on andnud kirjaliku nõusoleku kandideerimiseks (RKS § 18 lg 2). PS ei sisalda nõudeid riigikontrolöri kandidaadile.
RKS rõhutab, et riigikontrolör peab olema kõrgete kõlbeliste omadustega teovõimeline Eesti kodanik, kes valdab vabalt riigikeelt; tal peab olema akadeemiline kõrgharidus ning ta peab tundma riigihalduse ja majanduse põhialuseid. 2002. a RKS kohaselt ei tohtinud riigikontrolöri vanus ametisse nimetamisel ületada 65 aastat. 14.01.2008 jõustunud seadusemuudatusega riigikontrolöri vanuse ülempiir kui vanuseliselt diskrimineeriv kaotati. Riigikontrolöri kandidaat peab enne riigikontrolöriks nimetamist läbima julgeolekukontrolli, välja arvatud juhul, kui tal juba on kehtiv luba juurdepääsuks täiesti salajase tasemega riigisaladusele või kui ta on kandidaadiks saamise ajal ametikohal, millel on ametikohajärgselt säärane juurdepääs (RKS § 18 lg 1).
Riigikontrolöri kandidaadi julgeolekukontrolli teeb Kaitsepolitseiamet. Julgeolekukontrolli tulemusena kandidaadi kohta kogutud andmed esitab Kaitsepolitseiamet Vabariigi Presidendile, lisades oma arvamuse selle kohta, kas kandidaat vastab riigisaladusele juurdepääsu võimaldamise tingimustele (RKS § 18 lg 5). Vabariigi Presidendile ei ole Kaitsepolitseiameti arvamus siduv. PS ei sätesta, et üks isik ei või olla riigikontrolör mitu ametiaega järjest. Seni on Riigikogu rohkem kui üheks ametiajaks nimetanud ametisse ühe riigikontrolöri.
RKS § 20 lg 1 kohaselt astub riigikontrolör ametisse ametivande andmisega Riigikogu ees. Ametisse astumisega algavad riigikontrolöri volitused. Vande andmine, st tegelik ametisse astumine ja volituste omandamine peab seaduse kohaselt aset leidma riigikontrolöri ametisse nimetamisele järgneval Riigikogu täiskogu töönädalal. Selline regulatsioon on ebaõnnestunud, sest ei arvesta vajadusega määrata uus riigikontrolör ametisse aegsasti enne ametis oleva riigikontrolöri volituste lõppemist. Üheaegselt ei saa ega tohi volitusi olla kahel isikul. Viidatud seadusesätte sõnasõnaline tõlgendamine viiks PS mõttega vastuolus oleva tulemuseni, mille kohaselt tuleks riigikontrolöri ametisse nimetamise hääletus Riigikogus läbi viia alles siis, kui riigikontrolöri koht on jäänud vabaks. Kuna ajal, mil riigikontrolöri koht on täitmata, on Riigikontrolli tegevus piiratud, peaks see aeg olema võimalikult lühike. Nii tuleb leida lahendus, mis võimaldab riigikontrolöri ametisse nimetada enne eelmise riigikontrolöri volituste tähtaja lõppemist. Praktikas tähendab see vajaduse korral ametivande andmise edasilükkamist aega, mil eelmise riigikontrolöri volituste tähtaeg on möödas.
Vaidlusi on tekitanud küsimus, kas riigikontrolöri volituste viieaastane tähtaeg hakkab kulgema ametisse astumisest ehk volituste omandamisest või sellele järgnevast päevast. Riigikontrolöri volituste alguse ja lõppemise aeg ning kord ei ole seaduses üksikasjalikult reguleeritud. Kui lähtuda TsÜS § 135 lg-s 1 sätestatud tähtaja arvutamise reeglitest, hakkaks volituste tähtaeg kulgema ametivande andmisele järgnevast päevast. Samas tekivad riigikontrolöri õigused ja kohustused ametisse astumise hetkel. Lahendus, kus nimetatud õigused ja kohustused tekivad enne volituste tähtaja algust, on ebaloogiline. TsÜS sätestab tsiviilõiguse üldpõhimõtted, otsest kohustust lähtuda riigiõiguse küsimuste lahendamisel neist põhimõtetest ei ole. Eeltoodut arvestades tuleks asuda seisukohale, et volituste omandamise hetk peaks tähistama ka volituste tähtaja kulgemise algust. Riigiõiguslikus praktikas ongi riigikontrolöri volituste tähtaja kulgemise alguseks loetud ametivande andmise päev ja lõpuks ametivande andmise kuupäevale eelnev kuupäev viie aasta pärast. Seega arvutatakse tähtaega TsÜS-st erinevalt.
Üldiselt kehtib reegel, et sellel, kes nimetab isiku ametisse, on õigus teda ka ametist vabastada. Samal põhimõttel annab PS Riigikogule õiguse vabastada Vabariigi Presidendi ettepanekul riigikontrolör ametist. RKS § 21 kohaselt lõpevad riigikontrolöri volitused viieaastase volituste tähtaja möödumise päevast, tahtlikult toime pandud kuriteos süüdi mõistmise päevast, ettevaatamatuse tõttu toimepandud kuriteo eest vabaduskaotusliku karistuse mõistnud kohtuotsuse jõustumise päevast, riigikontrolöri surma korral, samuti Riigikohtu üldkogu otsuse jõustumise päevast kestva ametikohustuste täitmise võimetuse korral. Neil juhtudel lõpevad riigikontrolöri volitused Riigikogu otsuseta. PS-s fikseeritud Riigikogu otsus on vajalik juhul, kui riigikontrolör soovib ametist tagasi astuda. Ametist tagasiastumise avalduse esitab riigikontrolör Vabariigi Presidendile vähemalt neli kuud ette (RKS § 22). President teeb vastava ettepaneku Riigikogule. Riigikontrolöri volitused lõpevad tema ametist tagasiastumise avalduse rahuldamise päevast (RKS § 21 p 2). Seadusega on loodud ka riigikontrolöri volituste peatumise ja taastumise alused (vt § 138 komm-d).
Küsimuses, kas riigikontrolöri tegevuspiirangud laienevad riigikontrolörile tema volituste lõppemiseni, on õigusteadlased eri seisukohal. Ühelt poolt on õige, et kuna ametist vabastamise otsuse menetlemine Riigikogus võib kesta nädalaid, ei pruugi olla mõistlik sundida selle aja vältel ametis olema inimest, kes ametis olla ei taha. Teisalt ei ole enne Riigikogu otsust ametivolitustest loobumine korrektne, sest sellisel juhul vabastab riigikontrolör end ametikohustuste täitmisest endale sobivast hetkest sisuliselt ise, Riigikogu otsus kaotab aga sisulise tähenduse. Sõltumatu põhiseadusliku institutsiooni juhi ametist vabastamine ei pruugi olla pelk formaalne otsus. Riigikogul võibki olla vajadus selgitada asjaolusid ja otsustada volitustest vabastamise aeg, lähtudes riigi huvidest. See aeg ei tarvitse riigikontrolöri enda sooviga täpselt kokku langeda. PS mõttega näib enam kooskõlas olevat seisukoht, mille järgi riigikontrolör ei saa end omal äranägemisel ametikohustustest ja nendega kaasnevatest tegevuspiirangutest vabastada, mistõttu tegevuspiirangud laienevad talle volituste lõppemiseni. Arvestades kehtivate tegevuspiirangute olemust (erakonna liikmeks olemise keeld, erakonna tegevuses osalemise keeld, teises riigi-, KOV või avalik-õigusliku juriidilise isiku ametis olemise keeld, KOV volikogusse kuulumise keeld), ei saa sellist lähenemist pidada riigikontrolörile ülemääraselt koormavaks.
Riigikontrolöri volituste kestust vaadeldakse harilikult Riigikontrolli sõltumatuse ühe tagatisena. Riigikontrolöri volitused peavad kestma piisavalt kaua, et ta võiks jääda sõltumatuks parlamendis valitsevatest poliitilistest jõududest. Rohkem kui pool Euroopa riikide kõrgeimate auditiasutuste juhtidest nimetatakse ametisse seitsmeks või enamaks aastaks. Ka Eesti 1990. a RKS (§ 10 lg 3) kehtestas riigikontrolöri volituste tähtajaks seitse aastat, kuid kaks aastat hiljem vastuvõetud PS kärpis seda tähtaega kahe aasta võrra. PS väljatöötamisel peeti silmas põhiseaduslike institutsioonide ja nende juhtide volituste tähtaegade hajutamist, et saavutada riigiorganite tegevuse üldine stabiilsus ja kogemuste järjepidevus. Seetõttu valitakse Riigikogu neljaks ja Vabariigi President viieks aastaks, riigikontrolör nimetatakse viieks ning õiguskantsler seitsmeks aastaks.
Riigikontrolöri ametipalk määratakse KRAPS-ga. Kui riigikontrolöri volitused lõpevad viieaastase tähtaja möödumise või haigusest tingitud kestva ametiülesannete täitmise võimetuse tõttu, on tal õigus hüvitisele kuue kuu ametipalga määra ulatuses (RKS § 27 lg 8). Grammatilise tõlgenduse kohaselt on õigus hüvitisele ka juhul, kui ametis olev riigikontrolör nimetatakse ametisse uueks viieaastaseks tähtajaks. Seaduse kohaselt tuleb uueks ametiajaks nimetatud riigikontrolöril anda uus ametivanne ja tema volitused tekivad alles ametivande andmisest. Seega on formaalne alus hüvitise saamiseks olemas. Hüvitise olemus seesugust grammatilist tõlgendust ei toeta. Praktikas ongi uueks ametiajaks nimetatud riigikontrolör lähtunud seaduse eesmärgist ega ole hüvitist taotlenud.
Urmet Lee, Toomas Mattson, Airi Mikli