Riigikontrolli korralduse sätestab seadus.
PS kohaselt sätestatakse Riigikontrolli tegevuse korraldus ja täpsemad ülesanded, samuti asutuse juhtimiskorraldus RKS-ga. Et PS § 104 lg 2 p 13 kohaselt on tegemist konstitutsioonilise seadusega, nõuab RKS vastuvõtmine ja muutmine Riigikogu koosseisu häälteenamust.
Kuni 06.02.1995 tegutses Riigikontroll Eesti Vabariigi Ülemnõukogu 6. juunil 1990 vastu võetud seaduse alusel (jõustus 02.07.1990). Riigikontrolli töötajate tasustamist reguleeris 01.01.1993–06.02.1995 Riigikontrolli töötajate töötasustamise ajutise korra seadus. PS kehtimise ajal on vastu võetud kaks RKS: esimene neist jõustus 06.02.1995 ja teine 04.03.2002. Kehtivat RKS on korduvalt muudetud.
1995. a RKS muutis Riigikontrolli rohkem riigikontrolörikeskeseks, säilitades samas peakontrolöride ulatusliku vastutuse. Kontrolli tulemusel võttis peakontrolör vastu otsuse, mille läbivaatamine oli kontrollitavale kohustuslik. Peakontrolöri otsuse sai vaidlustada riigikontrolöri juures või kohtus. Otsuse tähtajaks täitmata jätmise eest oli HÕS-ga ette nähtud koguni karistus, ent see ei ühildunud juba tollase RKS-ga kujundatud Riigikontrolli olemusega, mille kohaselt ei käsitatud Riigikontrolli enam käsuvõimuga organina. 1995. a RKS-ga seati sisse ka Riigikontrolli ametipensionid ja lühendati riigikontrolöri volituste tähtaeg seitsmelt aastalt viiele, nagu 1992. a PS seda ette näeb. Tollase riigikontrolöri volitused kestsid ametisse nimetamisel määratud tähtaja lõpuni (PSRS § 5 lg 2), s.o seitse aastat.
Kehtiva, 2002. a RKS-ga laiendati auditeeritavate ringi ja Riigikontrolli pädevust (mh tulenevalt kohustusest kontrollida välisraha kasutamist), kaotati enamiku Riigikontrolli ametnike ametipensionid ning loobuti varasemast peakontrolöri otsuse ja kontrolliakti kombinatsioonist, asendades selle auditiaruandega. Riigikontrolli rolli kohta vt § 132 komm-d.
2012. a vastu võetud RKS muudatuse alusel ei ole alates 2013. a ja hiljem ametisse nimetatud riigikontrolöril enam õigust ametipensionile. Alates 01.01.2013 ei ole enam õigust ametipensionile ka Riigikontrolli peakontrolöril. Sellest üldreeglist on kehtestatud mitmeid erisusi, et kaitsta sel päeval ametis olnud isikuid, kel vajalik staaž polnud veel täis, aga ka juba peakontrolöri ametist lahkunud, kuid staažinõude täitnud isikute õiguspärast ootust.
Urmet Lee, Toomas Mattson, Airi Mikli