Vabariigi Valitsuse istungid on kinnised, kui valitsus ei otsusta teisiti.
Valitsus teeb oma otsused peaministri või asjaomase ministri ettepanekul.
Valitsuse määrused kehtivad, kui nad kannavad peaministri, asjaomase ministri ja riigisekretäri allkirja.
PS § 88 järgi peab Vabariigi Valitsus oma otsused tegema kollegiaalselt. Vabariigi Valitsus otsustab tema pädevusse kuuluvaid küsimusi istungil (VVS § 16 lg 1). Istung on valitsuse otsuste tegemise ainus vorm. Kollegiaalsuse nõue ei tähenda, et valitsuse otsuse tegemiseks peavad kõik valitsuse liikmed istungil osalema ja otsuse poolt hääletama. Valitsuse istungi läbiviimise juures on oluline tagada, et kõikidel valitsusliikmetel ja istungil sõnaõigusega osalejatel või nende asendajatel (õiguskantsler, riigikontrolör, riigisekretär) oleks võimalus istungil osaleda ja nad oleksid teadlikud istungil otsustamisele tulevatest küsimustest. PS ei reguleeri istungi pidamise kohta. Vastavalt VVS § 16 lg-le 3 toimub valitsuse istung üldjuhul valitsuse asukohas. VVR täpsustab, et valitsuse asukoht on Tallinnas Stenbocki majas, kuid peaministri otsusel võib istung toimuda ka mujal. VVR kohaselt võib peaminister valitsuse istungi toimumise kohta muuta ja otsustada istungi läbi viia ka näiteks sidevahendite kaudu. Koha valimisel tuleb silmas pidada, et kõigil istungil osalejatel oleks sinna võimalik tulla. Vabariigi Valitsus võib koguneda ka väljaspool Eesti Vabariigi territooriumi, kui see on mingil põhjusel vajalik ja istungil osalejatele on tagatud istungil osalemise võimalus.
Istungite läbiviimisel on oluline tagada kvoorumi olemasolu. Kehtiva VVS kohaselt on valitsus otsustusvõimeline, kui istungist võtab osa peale peaministri vähemalt pool valitsuse koosseisust. Riigi julgeolekut ähvardava vahetu ohu korral on valitsus otsustusvõimeline, kui istungist võtab peale peaministri osa vähemalt kaks ministrit (VVS § 16). Seega on valitsus riigi julgeolekut ähvardava vahetu ohu korral otsustusvõimeline kolmeliikmelisena (peaminister ja kaks ministrit). Otsuste legitiimsuse tagab nõue, et kvoorum on täidetud vaid siis, kui istungil osaleb ka peaminister või tema asendaja. Legitiimsust aitab tagada ka riigisekretär, kes VVS-st ja VVR-st tulenevalt tagab istungite ettevalmistamise, samuti võtab ta sõnaõigusega osa valitsuse istungitest ja kaasallkirjastab valitsuse otsused (VVS § 17 lg 2, § 18 lg 3, § 28 lg 3, § 30 lg 4, § 81 lg 3). Riigikantselei teeb kõik endast oleneva, et võimaldada korralduslikult võimalikult paljude ministrite istungil osalemine (sh osalemine istungil eri sidevahendite abil), kuid juhul kui see ikkagi ei õnnestu, siis on võimalik teha otsuseid ka kolme valitsusliikme osavõtul. Arvestama peab, et sellistes erandlikes olukordades ei pruugi ministritel kohale tulemine võimalikuks osutuda ning raskendatud võib olla ka sidevahendite kasutamine, nt ei pruugi need töötada või pole garanteeritud nende töökindlus. Kvooruminõue on miinimumnõue ning alati on eesmärk võimalikult paljude valitsusliikmete istungil osalemine, kuid juhul kui see ei õnnestu, saab otsuseid siiski vähendatud koosseisus teha. Seega ei ole kvooruminõude puhul tegu piirava nõudega, mitu ministrit istungil võib osaleda, vaid miinimumnõudega tagamaks erandlikes olukordades valitsuse otsustusvõimelisus. Sõnaõigusega osalejaid kvoorumi kindlakstegemisel arvesse ei võeta.
Kuna valitsuse puhul on tegemist kollegiaalse organiga, siis tehakse ka valitsuse otsused istungil osalevate valitsusliikmete häälteenamusega. Igal valitsusliikmel on ainult üks hääl, seda ka teise valitsusliikme asendamise korral. Peaministri häälel on otsustav kaal juhul, kui hääled langevad pooleks. Praktikas tehakse valitsuse otsused konsensuslikult.
Valitsuse istungid on kinnised, kui valitsus ei otsusta teisiti (lg 1). Selle poolest erineb valitsus Riigikogust (§ 72) ja kohtutest (§ 24 lg 3), kelle istungid on üldjuhul avalikud. Ühtse valitsuse põhimõtte kohaselt peab valitsus ajama ühtset poliitikat ja valitsuse liikmed peavad ühiselt oma tegevuse eest vastutama. Erinevalt parlamendist, kus vastanduvad koalitsioon ja opositsioon, või kohtust, kus võistlevad pooled, peab valitsus olema ja näima ühtne. Kinnisuse põhimõte kaitseb üksikuid valitsuse liikmeid nende istungil väljendatud mõtete, arvamuste, seisukohtade või ettepanekute avaldamise eest. Kinnisuse põhimõte laieneb ka valitsusliikmete kabinetinõupidamisele, kus lahendatakse ministritevahelisi erimeelsusi ja arutatakse valitsuse pädevuses olevaid küsimusi. Tegemist ei ole valitsuse istungiga, vaid valitsusliikmete töönõupidamisega, mille tulemusena lepivad valitsusliikmed kokku, kuidas ühe või teise teemaga edasi minna.Valitsuskabineti nõupidamise otsuste rakendamine sõltub valitsuse ja ministrite ametlikest otsustest ja tegevusest. Kinnisuse põhimõte ja arutelude sisu avaldamise keeld laieneb nii valitsusliikmete aruteludele istungil ja valitsuskabineti nõupidamisele kui ka hääletamistulemustele nimeliselt, v. a kui istungil või valitsuskabineti nõupidamisel ei otsustata teisiti.
PS § 96 lg 1 puhul on tegemist PS § 44 lg 2 suhtes erinormiga. Valitsuse istungite kinnisus ei tähenda, et valitsuse istungitel ei või osaleda ka teisi isikuid. Peaminister võib kutsuda istungile eksperte või muid asjasse puutuvaid isikuid. Küll aga kehtib valitsuse istungi kinnisuse põhimõte valitsuse liikmetele ning kõigile istungil osalevatele või viibivatele isikutele ning neile, kes ei ole valitsuse istungil osalenud, kuid kes pääsevad juurde valitsuse istungite informatsioonile. Üldisest keelust erandite tegemine on valitsuse pädevuses. Näiteks volitab VVR riigisekretäri lubama ametnikel tutvuda valitsuse istungi salvestistega, kui see on nende ametiülesannete täitmiseks vajalik. Kinnisuse põhimõttest tulenevalt ei ole ei nimelised hääletamistulemused ega valitsuse liikmete eriarvamused avalikud, v.a kui valitsus otsustab teisiti. PS § 44 lg-s 2 ette nähtud kohustus tagatakse valitsuskommunikatsiooni kaudu, mis tagab, et avalikkusele on teada valitsuse otsused ja tegevus. Samuti saavad Riigikogu liikmed esitada ministritele arupärimisi ning ministrid osalevad Riigikogu infotunnis, mida saavad kõik jälgida.
Valitsus teeb oma otsused peaministri või asjaomase ministri ettepanekul (lg 2). Sätte eesmärk on tagada, et asjaomane minister saaks ellu viia oma valdkonna poliitikat. Ministritel on peamine roll oma valdkonna poliitika kujundamisel, samas on ka peaministril võimalus osaleda valitsusele esitatavate ettepanekute väljatöötamisel ja vajadusel ise olulisi algatusi teha.
Valitsuse määrused kehtivad, kui need kannavad peaministri, asjaomase ministri ja riigisekretäri allkirja (lg 3) ning on avaldatud Riigi Teatajas. Kui üks nendest tingimustest ei ole täidetud, ei hakka määrus kehtima. Nii nagu eelmise sätte puhul, on ka selle sätte eesmärk võimaldada ministril kanda vastutust oma valdkonna poliitika või ülesannete täitmise eest ja peaministril kogu valitsuse poliitika eest. PS ei välista määruse allkirjastamist mitme asjaomase ministri poolt või olukorda, kus mitme ministri allkirjastatud määruse muudatuse allkirjastab vaid üks minister, kui tegemist on ainult tema vastutusvaldkonda puudutava muudatusega. Kui minister on määruse andmise osas eriarvamusel, siis VVS järgi lisatakse tema kirjalik seisukoht valitsuse istungi protokollile. Alati on võimalik küsimust valitsuse istungil või valitsuskabineti nõupidamisel uuesti arutada, et leida konsensus.
Valitsuse määrusele kirjutab kõigepealt alla riigisekretär, seejärel asjaomane minister ja siis peaminister. Allakirjutamisega kinnitavad kõik, et määruse andmisel on järgitud kollegiaalse otsuse tegemise põhimõtteid, õigusakti tekst vastab valitsuse otsusele ning on sisuliselt ja vormiliselt kooskõlas PS ja seadustega. Riigisekretär kinnitab oma allkirjaga, et on järgitud eelnimetatud nõudeid ning valitsus oli otsuse tegemisel otsustusvõimeline (oli järgitud kvooruminõuet). Kehtiva VVS kohaselt peab riigisekretär keelduma kaasallkirja andmast, kui valitsuse määrus ei vasta PS-le või seadustele. Keeldumise esitab riigisekretär valitsusele kirjalikult motiveerituna ja see lisatakse valitsuse istungi protokollile. Kui valitsus jääb endise otsuse juurde, annab riigisekretär oma kaasallkirja. Riigisekretäri kirjalik seisukoht lisatakse valitsuse määrusele ja see saadetakse viivitamata õiguskantslerile.
Küsitavusi on põhjustanud ka see, kui kaugele saab seadusandja minna valitsuse töökorralduse reguleerimisel PS § 104 lg 2 p 8 alusel. Valitsus on põhiseaduslik institutsioon ja tal on enesekorraldusõigus. Enesekorraldusõigus tähendab, et riigivõimu harud ning põhiseaduslikud institutsioonid peavad olema neile PS-ga otsesõnu antud pädevuse teostamise korraldamisel autonoomsed ning neil on üldjuhul õigus ise kindlaks määrata oma pädevuse teostamise sisemine organisatsioon ja kord (RKPJKo 14.04.1998, 3-4-1-3-98, p IV; RKPJKo 02.05.2005, 3-4-1-3-05, p 42). Kindlasti ei ole seetõttu põhjendatud seadusandja poolt kehtestada selliseid valitsuse töökorralduse nõudeid, nagu näiteks otsustusvõimelisuse või häälteenamuse nõue, mis hakkavad raskendama või lausa takistama valitsuse tööd. Seadusandja sekkumine valitsuse töökorda on õigustatud, et tagada teiste põhiseaduslike institutsioonide õiguseid (näiteks riigikontrolörile ja õiguskantslerile antud valitsuse istungil osalemise ja sõnaõiguse teostamiseks). Samuti saab seadusandja kohustada valitsust oma töökorralduse regulatsiooni avaldama, et tagada läbipaistev riigivalitsemine ja kontrollitavus. Kehtiva VVS kohaselt tuleb valitsuse istungite ettevalmistamise ja toimumise ning muud valitsuse töökorralduslikud küsimused sätestada VVR-s. Samas aga on tegu valitsuse töökorraldust puudutava küsimusega, millel väljaspool valitsust mõju ei ole, seega võib see PS vaatest olla kehtestatud ka haldusesiseselt. Küll aga tuleb silmas pidada, et valitsuse töökord peab olema kättesaadav ja kõigil peab soovi korral olema võimalik sellega tutvuda. VVS ja RTS kohaselt avaldatakse valitsuse määrused Riigi Teatajas.
Kui PS-st ei tulene teisiti, ei mõjuta valitsuse töökorra rikkumine valitsusest väljapoole suunatud õigusaktide kehtivust. PS vaatest on oluline, et valitsuse määrusele on alla kirjutanud peaminister, asjaomane minister ja riigisekretär (PS § 96 lg 3) ning järgitud on kollegiaalse otsustamise nõuet (PS § 88). Nimetatud nõuete rikkumine võib kaasa tuua valitsuse selle õigusakti kehtetuse. Seaduse järgi on kollegiaalse otsustamise põhimõtteid täpsustavate nõuete rikkumise tagajärjed valitsuse määruste ja korralduste kehtivusele erinevad. Valitsuse otsustusvõimelisuse või häälteenamuse nõuete rikkumise korral ei ole valitsuse määrus õiguspärane, kuid on siiski kehtiv (HMS §-d 89, 93, 94). Selle saab näiteks õiguskantsleri taotluse või kohtuotsuse alusel kehtetuks tunnistada Riigikohus. Sama rikkumise korral on aga valitsuse korraldus kehtetu algusest peale (HMS § 63 lg 2 p 3). Oluline on ka, et valitsusliikmeid ja istungil sõnaõigusega osalejaid on teavitatud istungi toimumisest ning neil on võimaldatud istungil osaleda (informeerimise põhimõte). Nimetatud põhimõtte rikkumine võib kaasa tuua valitsuse korralduse kehtetuks tunnistamise, kui rikkumine võis mõjutada asja otsustamist (HMS § 58).