Vabariigi Presidendi valib Riigikogu või käesoleva paragrahvi neljandas lõikes sätestatud juhul valimiskogu.
Vabariigi Presidendi kandidaadi ülesseadmise õigus on vähemalt viiendikul Riigikogu koosseisust.
Vabariigi Presidendi kandidaadiks võib seada sünnilt Eesti kodaniku, kes on vähemalt nelikümmend aastat vana.
Vabariigi President valitakse salajasel hääletusel. Igal Riigikogu liikmel on üks hääl. Valituks tunnistatakse kandidaat, kelle poolt hääletab Riigikogu koosseisu kahekolmandikuline enamus. Kui ükski kandidaat ei saa nõutavat häälteenamust, siis korraldatakse järgmisel päeval uus hääletusvoor. Enne teist hääletusvooru toimub uus kandidaatide ülesseadmine. Kui teises hääletusvoorus ei saa ükski kandidaat nõutavat häälteenamust, siis korraldatakse kahe teises voorus enim hääli saanud kandidaadi vahel samal päeval kolmas hääletusvoor. Kui Vabariigi Presidenti ei valita ka kolmandas hääletusvoorus, kutsub Riigikogu esimees ühe kuu jooksul Vabariigi Presidendi valimiseks kokku valimiskogu.
Valimiskogu koosneb Riigikogu liikmetest ja kohalike omavalitsuste volikogude esindajatest. Iga kohaliku omavalitsuse volikogu valib valimiskogusse vähemalt ühe esindaja, kes peab olema Eesti kodanik.
Riigikogu esitab valimiskogule presidendikandidaadiks kaks Riigikogus enim hääli saanud kandidaati. Presidendikandidaadi ülesseadmise õigus on ka vähemalt kahekümne ühel valimiskogu liikmel.
Valimiskogu valib Vabariigi Presidendi hääletamisest osavõtnud valimiskogu liikmete häälteenamusega. Kui esimeses voorus ükski kandidaat ei osutu valituks, korraldatakse samal päeval kahe enim hääli saanud kandidaadi vahel teine hääletusvoor.
Vabariigi Presidendi valimise täpsema korra sätestab Vabariigi Presidendi valimise seadus.
Riigipea valimise viisi valikul arvestatakse üldiselt riigipea pädevust. Parlamentaarses riigis presidendi otsevalimise ettenägemisel tuleb arvestada, et selliselt saab president tugeva mandaadi, mille kasutamiseks rahva ootustele vastavas ulatuses on õigusi vähe. See võib kaasa tuua rahva pettumise ja riigiõiguslikke probleeme, kui riigipea asub rahvalt saadud mandaadile tuginedes oma volitusi praktikas laiendama. Presidentaalses riigis, s.o riigis, kus valitsus vastutab presidendi ees ja presidendil on ulatuslikud võimuvolitused, on presidendi otsevalimine loogiline ja demokraatia põhimõttest tulenevalt soovitatav.
1937. a PS nägi ette Vabariigi Presidendi valimise üldistel ja otsestel valimistel. Valituks pidi loetama kandidaat, kes on saanud kõige rohkem hääli, absoluutset poolthäälte enamust (s.o enam kui poolt kõikidest häältest) ei nõutud. Kui üles seati vaid üks kandidaat, valis presidendi Riigivolikogu, Riiginõukogu ja kohalike omavalitsuste esinduskogu esindajate üldkoosolekul selle koosseisu 3/5 häälteenamusega. Kandidaatide ülesseadmise õigus oli üksnes Riigivolikogul, Riiginõukogul ja omavalitsuste esinduskogude esindajate kogul, mis andis praktikas võimaluse üldisi valimisi mitte korraldada. Eesti esimene president Konstantin Päts valitigi tema kandidatuuri ülesseadjate üldkoosolekul.
Põhiseaduse Assamblees oli Vabariigi Presidendi valimise viis üks põhiline vaidlusobjekt, nendes vaidlustes osales aktiivselt ka ajakirjandus. Põhiseaduse eri eelnõudes pakuti välja Vabariigi Presidendi valimiseks otsevalimisi (J. Raidla töögrupp) või valijameeste süsteemi (J. Adamsi töögrupp). Algul toetas assamblee ERSP programmilisest nõudest tulenevat valijameeste süsteemi. Valimiskogu pidi koosnema Riigikogu liikmetest ja sajast omavalitsuste esindajast. Hiljem pooldas Assamblee Vabariigi Presidendi valimist Riigikogus, mida tingisid reaalpoliitilised argumendid. Näiteks ei soovitud, et riigipea valimistel osaleksid kaudselt mittekodanikud, kes osalevad volikogude valimistel. Üks argument oli ka kohalike omavalitsuste volikogude suurem poliitiline inerts e väiksem valmisolek muudatusteks. Lõpuks ühendati kompromissina mõlemad valimisviisid (Riigikogu ja valimiskogu). Prioriteet kuulub Riigikogule ja valimiskogu rakendatakse alles siis, kui Vabariigi Presidendi valimine Riigikogus tulemust ei anna.
Erandlik oli PSRS § 4 kohaselt Vabariigi Presidendi valimine 1992. a. Kandidaadi ülesseadmise õigus oli vähemalt kümnel tuhandel hääleõiguslikul kodanikul. Kandidaadi registreeris Vabariigi Valimiskomisjon. Valimised toimusid üheaegselt Riigikogu valimistega otsevalimisena. Registreeriti neli kandidaati, kes said hääli järgmiselt: Lagle Parek (ERSP) 4,23%, Rein Taagepera (Rahvarinne) 23,39%, Lennart-Georg Meri (Isamaa) 29,51% ja Arnold Rüütel (valimisliit Kindel Kodu) 41,77% kehtivatest häältest. Et ükski kandidaat ei saanud üle poole hääletamisest osavõtnute häältest, valis Riigikogu 05.101992 kahe enim hääli saanud kandidaadi hulgast Vabariigi Presidendiks L-G. Meri (poolt 59 häält). A. Rüütlit toetas 31 Riigikogu liiget, kehtetuks tunnistati 11 valimissedelit.
PS seab Vabariigi Presidendi ametikohale kandideerimiseks kaks formaalset nõuet – sünnijärgne Eesti kodakondsus ja vanuse alampiir 40 aastat –, kuid sisuliselt eeldab hääleõiguse olemasolu. Suhteliselt kõrge vanusetsensus on riigipea puhul tüüpiline ning parlamentaarse riigikorra puhul üldjuhul PS-s fikseeritud. Nõutava vanusepiiri peab kandidaat olema saavutanud ülesseadmise päevaks (VPVS § 2 lg 1). Presidendikandidaadiks ei tohi seada tegevväelast ega teist ametiaega järjest ametis olevat Vabariigi Presidenti.
VPVS kohaselt algab kandidaatide ülesseadmine neljandal ja lõpeb teisel päeval enne esimest valimisvooru Riigikogus (VPVS § 15 lg 3). Järgmisel päeval toimuvateks teiseks ja kolmandaks vooruks võib üles seada ka uued kandidaadid. Seepärast algab kandidaatide ülesseadmine neli ja lõpeb kaks tundi enne teist hääletusvooru Riigikogus (VPVS 17 lg 2). Kandidaatide ülesseadmise aja sellist korraldust on kritiseeritud. Kuivõrd võimalike riigipeakandidaatide avalikud otsingud algavad nagunii enne ametlikku ülesseadmistähtaega ja teiseks vooruks saab PS kohaselt mõned tunnid enne teise hääletusvooru algust üles seada uued kandidaadid, ei oleks seaduses esimese vooru kandidaatide ülesseadmistähtaja ettepoole toomisel sisulist mõju.
Riigikogus valituks tunnistamiseks on vaja saada Riigikogu koosseisu kahekolmandikuline häälteenamus, s.o vähemalt 68 häält. 1996., 2001., 2006. ega 2016. a ei õnnestunud Riigikogus Vabariigi Presidenti valida ja valimine läks valimiskogusse. 2016. aastal ebaõnnestus riigipea valimine ka valimiskogus ning uus Vabariigi President valiti lõpuks uuel katsel siiski Riigikogus.
1996. a presidendivalimiste esimeses voorus sai L-G. Meri 45 ja A. Rüütel 34 häält; teises voorus oli häälte arv vastavalt 49 ja 34 ning kolmandas voorus 52 ja 32. Rikutud ja tühje sedeleid oli vastavalt 16, 13 ja 12.
2001. a presidendivalimiste esimeses voorus sai Peeter Kreitzberg 40 ja Andres Tarand 38 häält; teises voorus P. Kreitzberg 36 ja uus kandidaat Peeter Tulviste 35 häält. Kolmandas voorus kogusid mõlemad kandidaadid, nii P. Kreitzberg kui ka P. Tulviste, 33 häält. Tühje või rikutud sedeleid oli esimeses voorus kokku 13, teises 20 ja kolmandas 24.
2006. a presidendivalimiste esimeses voorus seati ainsa kandidaadina üles Ene Ergma. Hääletamissedeli võttis välja 65 Riigikogu liiget (st vähem kui valituks osutumiseks hääli tarvis) ja kõik 65 häält sai E. Ergma. Teises ja kolmandas voorus võeti samuti välja üksnes 65 sedelit ning neiks voorudeks ainsana üles seatud kandidaat T. H. Ilves nii teises kui kolmandas voorus 64 häält, 1 sedel oli tühi.
2011. a valiti riigipea Riigikogus: T. H. Ilves valiti teiseks ametiajaks presidendi ametisse tagasi 73 poolthäälega, tema vastaskandidaat Indrek Tarand kogus 25 häält.
2016. a presidendivalimistele eelnes pikk ja pigem otsevalimistele kohane valimiskampaania, kus enamik parlamendierakondi toetas oma kandidaati, kokkuleppeid 68 häält pälvida võiva kandidaadi leidmiseks ei tehtud. Riigikogu valimisvoorud kukutati teadlikult läbi ning tühjade ja rikutud sedelite tõttu ebaõnnestus valimine ka 24.09.2016 valimiskogus. Uueks valimisvooruks Riigikogus seati 90 allkirjaga üles Kersti Kaljulaid, kes osutus 03.10.2016 valituks 81 häälega. Märgistamata sedeleid oli valimiskastis 17.
Valimiskogu ühe osa moodustavad parlamendi liikmed. Teise osa valivad kohalike omavalitsuste volikogud, lähtudes rahvastikuregistrisse kantud hääleõiguslike inimeste arvust KOV territooriumil presidendi valimise aasta 1. jaanuari seisuga. Kvoodid on järgmised: kui omavalitsuse territooriumil on kuni 10 000 hääleõiguslikku Eesti kodanikku, valib volikogu valimiskogusse 1 esindaja; 10 001–50 000 kodanikku – 2 esindajat; 50 001–100 000 kodanikku – 3 esindajat; üle 100 000 kodaniku – 10 esindajat (VPVS § 22 lg 2). Sellise süsteemi tulemuseks kujunes, et valimiskogust rohkem kui 2/3 olid kohalike omavalitsuste esindajad (1996. a oli suhe 273 : 101; 2001. a 266 : 101; 2006. a 244 : 101; 2016. a 225 : 101). Enne 2016. a valimiskogu peeti probleemiks KOV esindajate suurt ülekaalu valimiskogus, samuti linnade ja valdade elanike esindatuse ebaproportsionaalsust. 2016. a asuti avalikes aruteludes vastupidisele seisukohale: seoses kavandatava haldusterritoriaalse reformiga leiti, et KOV esindajate osakaal valimiskogus ei tohiks väheneda.
Valimiskogu moodustamise põhimõtted, sh KOV esindajate osakaal, on seadusandja otsustada, PS seab vaid kaks piiri: igast linnast või vallast peab olema vähemalt üks valimiskogu liige ja kõik valimiskogu liikmed peavad olema Eesti kodanikud. KOV elanike proportsionaalse esindatuse ega Riigikogu liikmete ja KOV esindajate suhtarvu nõuet PS-st ei tulene. KOV volikogu esindaja peab olema selle volikogu liige ega tohi olla Riigikogu liige (VPVS § 22 lg 3).
Kandidaatide registreerimine algab neljandal ja lõpeb teisel päeval enne valimiskogu. Automaatselt lähevad edasi Riigikogu kolmandas voorus osalenud kandidaadid (VPVS § 25 lg 1). Üles võib seada ka uusi kandidaate. Kandidaadi ülesseadmise õigus on vähemalt 21 valimiskogu liikmel. Uute kandidaatide ülesseadmist valimiskogu liikmete poolt on peetud problemaatiliseks ning arvatud vajalik olevat see õigus ära muuta. Põhjenduseks on üldiselt see, et praeguse korra juures (eriti kui nii koalitsioonil kui ka opositsioonil puudub ühiskandidaat) kujuneb valimine Riigikogus jõudude vahekordi selgitavaks aktsiooniks, kus põhikandidaate üldse veel ei esitata ja valmistatakse ette võimalikke kokkuleppeid valimiskogus.
1996. a ja 2016. a presidendivalimistel seati valimiskogus täiendavalt üles kolm, 2001. a kaks kandidaati.
Kui 1996. a üksnes valimiskogus ülesseatud kandidaadid (Tunne-Väldo Kelam, Siiri Oviir ja Enn Tõugu) seal teise vooru ei pääsenud (said kokku 39,8% kehtivatest häältest), siis 2001. a valimistel oli olukord vastupidine: teise vooru jõudsid üksnes valimiskogu poolt ülesseatud kandidaadid (P. Kreitzberg ja P. Tulviste said esimeses voorus kokku 44,1% häältest).
1996. a sai L-G. Meri valimiskogus 196 ja A. Rüütel 126 häält, 50 sedelit (13,4%) oli tühjad või rikutud.
2001. a valimiskogu esimeses voorus sai A. Rüütel 114 ja T. Savi 90 häält, märgistamata oli vaid üks sedel. Teises voorus valiti presidendiks A. Rüütel 186 häälega. T. Savi sai 155 häält, 25 sedelit (6,3%) olid tühjad või rikutud.
Sooviga valida Vabariigi President Riigikogus, aga mitte valimiskogus, leppisid 2006. a presidendivalimiste eel Riigikogus esindatud erakonnad kokku, et valivad välja erakondade esitatud kandidaatide hulgast isiku, keda esitada presidendikandidaadina Riigikogus valimiseks. Kokkuleppega ei ühinenud Eestimaa Rahvaliit, kes deklareeris oma toetust president A. Rüütli tagasivalimiseks ning kelle toetamisega ühines hiljem ka Eesti Keskerakond. Ilma nendeta ei olnud võimalik Riigikogus nõutavat häälteenamust (68) saavutada. Valimiskogus 23.09.2006 sai senine president A. Rüütel 162 ja T. H. Ilves 174 poolthäält, millega viimane osutus valituks Eesti Vabariigi presidendiks.
2016. a pääsesid Riigikogu kolmandast hääletamisvoorust automaatselt valimiskokku Siim Kallas ja Mailis Reps. Üles seati ka Riigikogus kandideerinud Allar Jõks ning täiendavalt Mart Helme ja Marina Kaljurand. Teises voorus oli valimiskastis 332 sedelit. A. Jõks sai 134 ja S. Kallas 138 häält. Märgistamata oli 57 ja rikutud 3 hääletamissedelit, s.o 18% sedelite koguarvust. Kuna ükski kandidaat ei kogunud enam kui 50% valimiskasti sedeli lasknud valimiskogu liikmete poolthäältest, läks valimine tagasi Riigikokku.
Presidendi valimise kohta käivatele PS sätetele seaduses antud tõlgendustele on alternatiive.
Lausele „Riigikogu esitab valimiskogule presidendikandidaadiks kaks Riigikogus enim hääli saanud kandidaati“ VPVS-s antud tähendus, mille kohaselt lähevad automaatselt valimiskokku edasi Riigikogu kolmandas hääletusvoorus osalenud kandidaadid, on küsitav, sest teiseks vooruks on võimalik uute kandidaatide ülesseadmine. Seesugusel lausel on mõte vaid siis, kui arvestatakse ka esimese vooru tulemust. Kui silmas oleks peetud vaid kolmandas voorus osalenuid, oleks ilmselt see lõik PS-s vastavalt sõnastatud.
Kui Riigikogu hääletusvoorudes valituks osutumiseks on PS kohaselt nõutav 2/3 koosseisu häälteenamus, siis valimiskogus ei nõua PS mitte selle koosseisu, vaid hääletamisest osavõtnute häälteenamust. Hääletamisest osavõtnuks ei pea lugema igaüht, kes on lasknud sedeli valimiskasti. Mõeldav on osavõtuks lugeda üksnes valimiseelistuse avaldamine e lähtuda kehtivate sedelite arvust ja jätta tühjad ning rikutud sedelid arvestamata. Sarnasest loogikast lähtutakse Riigikogu valimistel lihtkvoodi arvutamisel. Niinimetatud valget sedelit Eesti valimissüsteem ei tunne. Mõistagi võinuks sõnastada § 79 lg 7 nii, et teises voorus osutub valituks kandidaat, kes saab rohkem hääli, ning et võrdse häälte arvu puhul osutub valituks kandidaatidest vanem või heidetakse liisku.
Tõlgendust, mille kohaselt tuleb president valimiskogus igal juhul valida ja valimiskorras ei tohi jätta valimiskogu läbikukutamise võimalust, toetab § 80 lg 2. PS-s ei ole ette nähtud § 80 lg 2 tähtaja olulise rikkumise tagajärge e lahendatud küsimust, kas pärast viieaastase ametiaja lõppu jätkab uue riigipea valimiseni senine või lähevad volitused üle Riigikogu esimehele. 2016. a jäi peale tõlgendus, mille kohaselt lähtudes § 82 p 4 ja § 83 lg 1 sõnastusest jätkab Vabariigi President ametis ka peale oma ametiaja lõppu tähtajatult kuni uue presidendi valimiseni. Riigipea volituste pikenemisest kõneleb vaid PS § 131 lg 1, ent see ei käsitle uue presidendi tähtajaks valimata jäämise olukorda.
Demokraatia üldpõhimõtete kohaselt peaksid ametiaja lõppedes volitused minema asendajale. Vastasel korral on mõeldav, et ametis olev isik püüab valimiste ebaõnnestumist soodustada. Ametiaja pikenemise küsimus langeks ära, kui valimiskogus selgitataks valimistulemus igal juhul.