Riigikogu valib oma liikmete hulgast Riigikogu esimehe ja kaks aseesimeest, kes korraldavad Riigikogu tööd vastavalt Riigikogu kodukorra seadusele ja Riigikogu töökorra seadusele.
PS § 69 sätestab Riigikogu juhtimisorganid, kelleks on Riigikogu esimees ja kaks aseesimeest.
Analoogne säte oli ka varasemates Eesti põhiseadustes. 1920. ja 1937. a PS, samuti 1933. a vastuvõetud PS muutmise seaduse vaadeldavate sätete (vastavalt §-d 43, 70 ja 43) sõnastus on peaaegu identne. Kehtiva PS §-st 69 erinevad need selle poolest, et mainivad esimehe kõrval „teisi juhatuse liikmeid“ (mitte aseesimehi) ning reguleerivad parlamendi uue koosseisu esimese istungi juhatamist kuni esimehe valimiseni (1920. ja 1937. a PS järgi pidi seda tegema senine Riigikogu / Riigivolikogu esimees, 1933. a muudatuste kohaselt aga Riigikogu vanim liige). Ka puudub neis viide Riigikogu töö aluseks olevatele õigusaktidele.
Kommenteeritava paragrahvi sõnastus on pärit Põhiseaduse Assambleele esitatud J. Raidla töörühma eelnõust (§ 64), ehkki algselt olid tekstis sõnad „Riigikogu juhataja“ ja „asejuhataja“. Nimetuse küsimust arutas ja hääletas assamblee mitmel korral (8. ja 26. istungil) ning lõpuks jäädi „Riigikogu esimehe“ ja „aseesimeeste“ juurde. Peale selle vaieldi Põhiseaduse Assamblee istungitel selle üle, kas PS-s peaks olema fikseeritud juhatuse valimise meetod (assamblee 15.11.1991 eelnõus oli kirjas, et Riigikogu juhataja ja kaks asejuhatajat valitakse „üksiku mitteülekantava hääle meetodil“) ning kas juhatuse volitused peaksid kestma ühe aasta (assamblee hääletas selle eelnõusse 19. istungil) või kogu Riigikogu selle koosseisu volituste aja. Lõpuks otsustati mõlemad küsimused jätta PS-s reguleerimata.
Parlamendi esimehe institutsioon on esile tõstetud ka paljude teiste riikide PS-des. Traditsiooniliselt on parlamendi esimehe põhifunktsioonideks rahvaesinduse esindamine, juhtimine ning selle töö korraldamine. Konkreetsemateks ülesanneteks on parlamendile arutamiseks esitatavate dokumentide (eelnõude, arupärimiste jmt) menetlusse võtmise otsustamine, täiskogu istungi juhatamine, korra tagamine istungil ning haldus- ja politseivõimu teostamine parlamendihoones. Eesti PS räägib üldiselt Riigikogu esimehe ülesandest „korraldada Riigikogu tööd“, kuid näiteks politseivõimu Riigikogu hoones talle ei anna (vrd nt Saksamaa PS art 40 lg 2).
Riigikogu esimehel on mitu PS-s sõnaselgelt nimetatud ülesannet: kokku kutsuda erakorraline istungjärk (§ 68), kokku kutsuda valimiskogu Vabariigi Presidendi valimiseks (§ 79 lg 4), asendada Vabariigi Presidenti (§ 83) ja anda kaasallkiri Vabariigi Presidendi seadlusele (§ 109 lg 1).
Nagu eespool märgitud, Riigikogu esimehe ega aseesimeeste volituste aega PS ei sätesta. Siit tekib küsimus, kas Riigikogu esimehe volitused peavad kestma kuni Riigikogu koosseisu volituste lõpuni või saab volituste lühema kestuse sätestada RKKTS. Riigikogu esimehe valimist Riigikogu koosseisu volituste ajaks toetab analoogia Vabariigi Valitsuse ametiaja kestusega, mida samuti PS täpselt ei sätesta, kuid mis on seotud Riigikogu koosseisu volituste ajaga (vt § 92). Riigikogu esimehe volituste pikemaajaline kestus tagaks Riigikogu juhtimise ja töökorralduse suurema stabiilsuse ning kindlustaks esimehele suurema autoriteedi. Samas peaks RKKTS sel juhul sätestama Riigikogu esimehe tagasikutsumise võimaluse, kui ta näiteks eirab Riigikogu tööd reguleerivaid õigusakte. Kui aga lähtuda Riigikogu enesekorraldusõigusest (vt RKPJKo 02.05.2005, 3-4-1-3-05, p 42), siis tuleb möönda Riigikogu võimalust ise kindlaks määrata oma organite moodustamise kord ja volituste aeg. Seepärast võib aktsepteerida Riigikogu õigust valida esimees ka lühemaks perioodiks. RKKTS sätestabki Riigikogu esimehe valimise aastaks. Talle umbusalduse avaldamise võimalust pole kehtestatud. Iga-aastane valimine võimaldab Riigikogu liikmetel anda Riigikogu esimehe tegevusele hinnang ja arvestada poliitiliste jõudude vahekorra muutustega Riigikogus.
Riigikogu valib kaks aseesimeest, kelle ülesanne on täita Riigikogu esimehe ülesandeid eelkõige siis, kui esimees on ära või muul põhjusel ei saa oma ülesandeid täita. Praktikas on mõned Riigikogu töö korraldamise ülesanded (nt istungi juhatamine) Riigikogu esimehe ja aseesimeeste vahel kokkuleppe alusel ära jagatud.
Hea parlamentaarse tava järgi peab parlamendi juhtimisorganites olema esindatud ka opositsioon. Eestis tähendab see ühe aseesimehe valimist opositsiooni liikmete hulgast.
2002. a PSJKS § 37 lg 2 annab isikule, kes leiab, et Riigikogu juhatuse valimisega seotud valimiskomisjoni otsuse või toiminguga on rikutud tema õigusi, võimaluse esitada Riigikohtule taotlus tunnistada toiming õigusvastaseks või hääletamistulemus kehtetuks.
Riigikogu töö korraldamine seisneb ühelt poolt mitmesuguste Riigikogu põhiseaduslike ülesannete täitmist ettevalmistavate ja tagavate toimingute tegemises, nagu näiteks Riigikogu istungite läbiviimine, korra hoidmine, Riigikogule esitatavate dokumentide menetlusse võtmine, menetlusnormidest kinnipidamise eest hoolitsemine ja suhtlemine teiste põhiseadusorganitega. Teiselt poolt tähendab töö korraldamine kommenteeritava paragrahvi mõttes Riigikogule ja selle liikmetele nende funktsioonide teostamiseks vajalike tingimuste (hooned, personal, töövahendid jms) loomist. Riigikogu esimehel ja aseesimeestel aitab Riigikogu tööd korraldada spetsiaalselt rahvaesinduse teenindamiseks moodustatud asutus – Riigikogu Kantselei.
PS §-s 69 muid juhtimisorganeid ette ei nähta. Samas ei välista PS, et sellised organid sätestab RKKTS. See näebki kollegiaalse juhtimisorganina ette Riigikogu juhatuse, millesse kuuluvad Riigikogu esimees ja aseesimehed. Juhatuse olemasolu tingib vajadus otsustada kõige olulisemad Riigikogu juhtimise, töökorralduse ja haldamise küsimused kollegiaalselt ning opositsiooni esindaja osavõtul.
2002. a PSJKS järgi võib Riigikogu liige, asendusliige või fraktsioon, kes leiab, et Riigikogu juhatuse otsusega on rikutud tema õigusi, vaidlustada otsuse Riigikohtus. Siiski pole Riigikohtus vaidlustatav juhatuse igasugune otsus. Vaidlustatav on vaid otsus, millele on viidatud PSJKS §-s 17: otsus, millega Riigikogu juhatus määrab Riigikogu alatiste komisjonide liikmete arvu ning fraktsioonidele kuuluvate kohtade arvu alatises komisjonis, määrab alatisse komisjoni fraktsiooni mittekuuluva Riigikogu liikme ning kinnitab alatiste komisjonide koosseisud ja muudatused nendes (RKKTS § 13 lg 2 p 2); otsus, millega Riigikogu juhatus registreerib (või jätab registreerimata) Riigikogu fraktsioonid ning muudatused fraktsioonide koosseisus (RKKTS § 13 lg 2 p 3); otsus, millega Riigikogu juhatus võtab eelnõusid Riigikogu menetlusse (või jätab need menetlusse võtmata) ning määrab neile juhtivkomisjone (RKKTS § 13 lg 2 p 4); otsus, millega Riigikogu juhatus vormistab asendusliikme asumise Riigikogu liikmeks (RKLS § 13); otsus, millega Riigikogu juhatus vormistab Riigikogu liiget asendava liikme volituste lõppemise (RKLS § 14).
Paljudes parlamentides on moodustatud ka fraktsioonide või komisjonide esimeestest koosnev kogu, kelle ülesanne on eelkõige planeerida parlamendi tegevust ning lahendada probleeme, mis võivad parlamendi tööd takistada. RKKTS sellist tööorganit ette ei näe, kuigi PS selle loomist ei välista. Praktikas on Riigikogu esimees siiski teatavate küsimuste arutamiseks kutsunud kokku Riigikogu juhatuse ja fraktsiooni esimeeste ühiseid nõupidamisi (vanematekogu).
Janar Jäätma, Arne Koitmäe, Tiina Runthal